La rica fauna del Estrecho de Magallanes está compuesta por delfines, orcas, toninas comunes, overas, albatros, petreles, pingüinos magallánicos y una extensa variedad de otras especies.

Hay lugares especialmente habitados por focas leopardo, toninas blancas, elefantes marinos y colonias de albatros del tipo ceja negra como el Seno Almirantazgo.

La Isla Carlos III y alrededores, es escenario de la presencia de ballenas jorobadas o yubartas.